Tuy nhiên, Marchisio đã trải qua những thời khắc rất khó khăn ở Juventus do bị mất vị trí đá chính sau sự vươn lên mạnh mẽ của Paul Pogba. Bộ ba Vidal - Pogba - Pirlo là sự lựa chọn yêu thích của hàng tiền vệ Juve, còn Marchisio chỉ thường vào sân từ ghế dự bị thay thế một trong 3 cầu thủ kể trên. 
 
Dù vậy, Marchisio vẫn không nản lòng. Anh âm thầm chờ cơ hội và khi nó đến, lập tức Marchisio tận dụng ngay. Cầu thủ này lại trở thành một trong những trụ cột của Juve vào thời điểm hiện nay. Trong thời gian Pirlo vắng mặt vì chấn thương hông, Marchisio đã chơi tốt. Trong khi phong độ và tương lai của Arturo Vidal bị đặt dấu hỏi do vướng bận những tin đồn chuyển đến M.U thì Marchisio là sự lựa chọn đáng tin cậy ở hàng tiền vệ Juve.
 
 
Marchisio đã chiếm trọn niềm tin của tân HLV Max Allegri. Ông hứa sẽ tạo cơ hội cạnh tranh sòng phẳng cho Marchisio trước Pirlo, Pogba, Vidal. Marchisio sẵn sàng đón nhận thách thức. Cầu thủ này nổi tiếng giàu nghị lực. Ở World Cup 2010 tại Nam Phi, Marchisio được HLV Marcello Lippi xem là cầu thủ quan trọng nhất của Italia và xếp anh chơi ở vị trí tiền vệ tổ chức.
 
Marchisio đã thất bại, Italia bị loại ngay từ vòng bảng. Marchisio bị chỉ trích khá nhiều nhưng không bỏ cuộc. Đến VCK EURO 2012, Marchisio đá chính mọi trận giúp Italia bất ngờ vào đến chung kết. Đã “trở lại” ngoạn mục ở tuyển Italia, giờ là lúc Marchisio “trở lại” ở Juve.